Další skupina digitalizovaných dokumentů NK ČR čítá 19 středověkých kodexů. Nejstarším z nich je rukopis IV.D.7, který byl ve své většině napsán kolem poloviny 11. století ve skriptoriu kláštera v Břevnově, nejstarším doloženém skriptoriu v českých zemích, a obsahuje homilie na evangelia papeže Řehoře I. Rovněž další kodexy jsou převážně českého původu a byly napsány v rozmezí 13.-15. století. Zaznamenávají díla teologická (mj. církevních otců Augustina, Jeronýma, Řehoře a Isidora ze Sevilly), biblické výklady (např. Haymona z Auxerre, Honoria z Autunu, Mikuláše z Lyry, Mikuláše z Gorranu), texty kazatelské a v menší míře církevně-právní, rétorické, astronomické a filozofické. Liturgické rukopisy jsou zastoupeny breviářem druhé poloviny 13. století IV.D.9, který byl podle některých rubrik nejspíše užíván při kostele sv. Víta na Pražském hradě. Iluminacemi jsou zdobeny rukopisy IV.D.10 (figurální iniciála s P. Marií a Ježíškem, po stranách dvojice postav) a IV.E.19 (ornamentální iniciály).